Bioinformatik Blog

Die Bioinformatik kommt im Bereich der Proteomics an verschiedenen Stellen zum Einsatz.

Bei der Gelelektrophorese gewährleistet sie die Reproduzierbarkeit von Untersuchungen. Das Verfahren an sich zeit meist nie, bei mehrfacher Ausführung mit den gleichen Anfangsparametern, die gleichen Ergebnisse. Zumindest auf den ersten Blick nicht. Mit Bildbearbeitung und anschließender Bildverarbeitung und Mustererkennung lassen sich jedoch im Nachhinein scheinbar unterschiedliche Peaks als die zum gleichen Stoff gehörenden nachweisen.

Bei MALDI TOF Massenspektrometern fallen im klinischen Bereich oft große Datenmengen an, die es gilt, in Datenbanken zu verwalten, möglichst verlustfrei zu komprimieren, verschiedenen Personengruppen zur Verfügung zu stellen und in menschenlesbarer Form darzustellen.

Verwendet man Methoden der Proteomics um Peptide bzw. Proteine zu sequenzieren spielt die Bioinformatik eine noch größere Rolle. Einerseits müssen die Ermittelten Sequenzbruchstücke mit geeigneten Algorithmen zur gesamt Sequenz zusammengefügt werden, andererseits müssen Datenbanken durchsucht werden um gefundene Sequenzen mit bereits identifizierten Sequenzen abzugleichen. Aber auch nach der Sequenzierung setzt man zum Beispiel für die funktionale Abgrenzung von Domänen auf die Bioinformatik.