Wie der Name schon sagt, geht es hierbei um den Zerfall der Ionen nach dem Verlassen der Innenquelle des Massenspektrometers, also während der Flugzeit. Ausgelöst wird die Auftrennung der Moleküle durch eine zu hohe Energie innerhalb des Moleküls, was letztendlich zum aufbrechen von kovalenten Bindungen führt.
Dieser Effekt kann zur Sequenzbestimmung von Proteinen genutzt werden. Die Proteine müssen allerdings vorher in Peptidbruchstücke zerlegt werden und die ermittelten Sequenzen anschließend per Alignment wieder zusammengesetzt werden.
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