Was ist BioJava?

Juli 8th, 2006 Autor: Phillip Kroll -

BioJava ist ein Open Source Projekt, dass sich zur Aufgabe gemacht hat, ein Java Framework für das Arbeiten mit biologischen Daten bereitzustellen. Zum Leistungsumfang gehört das Manipulieren biologischer Sequenzen, das Parsen von Dateien, der Zugriff auf BioSQL und Ensembl Datenbanken und Werkzeuge zur statistischen Analyse von Sequenzen.

Was BioJava besonders flexibel macht, ist die Verwendung von Referenzen anstatt fester Alphabete. So ist man z.B. nicht gezwungen zur Darstellung einer Basensequenz das Alphabet 'G,T,A,C' zu verwenden sonder könnte stattdessen auch 'Gua,Tym,Ade,Cyt' benutzen.

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