Bioinformatik Blog

Dies ist ein Beispiel für einen PHP Code, der die Tatsache umsetzt, dass Organismen zwei verschiedene Alphabete benutzen um genetische Information zu speichern: DNA und RNA. Die Information ist die gleiche, es gibt nur einfach ein Alphabet für den Zellkern (DNA) und eins für das Zytoplasma (RNA):

PHP Code:

<font face="Courier New">
<?php

$length = 100;

$DNAAlphabet = array( 1 => 'A', 2 => 'T', 3 => 'G', 4 => 'C' );
$RNAAlphabet = array( 1 => 'A', 2 => 'U', 3 => 'G', 4 => 'C' );

for ( $i = 0; $i < $length; $i++ ) $Sequence[ $i ] = rand( 1, 4 );

echo( 'Need a random piece DNA?<br>DNA: ' );

for ( $i = 0; $i <= count( $Sequence ); $i++ )
echo($DNAAlphabet[ $Sequence[ $i ] ] );

echo( '<br>RNA: ' );

for ( $i = 0; $i <= count( $Sequence ); $i++ )
echo( $RNAAlphabet[ $Sequence[ $i ] ] );

?>
</font>

Die Ausgabe sieht dann zum Beispeil so aus:

Alternativer Java Code:

import java.util.*;
public class BioAlphabet {

public static void main(String[] args) {

char[] DNAAlphabet = { 'A', 'T', 'G', 'C' };
char[] RNAAlphabet = { 'A', 'U', 'G', 'C' };

int[] Sequence = new int[ 100 ];
Random rand = new Random();

for ( int i = 0; i < Sequence.length; i++ )
Sequence[ i ] = rand.nextInt( 4 );

System.out.print( "DNA: " );
for ( int i = 0; i < Sequence.length; i++ )
System.out.print( DNAAlphabet[ Sequence[ i ] ] );

System.out.print( "\nRNA: " );
for ( int i = 0; i < Sequence.length; i++ )
System.out.print( RNAAlphabet[ Sequence[ i ] ]);

}}