Datenformate für Mikroarrays

Oktober 17th, 2006 Autor: Phillip Kroll - 1 Kommentar

Mikroarray
Die Microarray Gene Expression Data Society, kurz MGED Society, beschäftigt sich mit der Spezifikation für die Speicherung von Experimentdaten die bei dem Einsatz von Mikroarrays anfallen. Die MGED Society hat einen Minimum Standard für die Speicherung entwickelt. In dem Standard wird festgehalten welche Daten mindestens in einem Format enthalten seinen müssen, um Mikroarray Daten sinnvoll zu speichern. Dazu gehören bestimmte Aspekte des Experiment Designs, der benutzen Proben sowie die Beschriftung und Aufbereitung, Hybridisierungs Prozeduren und Parameter, Messdaten und Spezifikationen und das Array Design. Auf der Website der MGED Society erhält man eine Checkliste mit der genauen Minimalanforderung für die Speicherung von Mikroarray Daten. [1]

Neben dem Minimalstandard hat die MGED auch noch eine Markup Language sowie ein Objektmodell für den Datenaustausch entwickelt. Die Markup Language (MGED-ML) basiert auf XML und das Objektmodell (MGED-OM) auf der Unified Modelling Language (UML). [2]

Realisiert wurde die MGED Spezifikationen in ArrayExpress, einem Projekt des European Bioinformatics Institute. ArrayExpress ist eine öffentliche Datenbank dessen Ziel es ist, wohl dokumentierte Experiment Daten zu speichern und zur Verfügung zu stellen. [3]

Quellen:

1. Website, MGED Society, http://www.mged.org
2. Website, Object Management Group, http://www.omg.org
3. Website, European Bioinformatics Institute, http://www.ebi.ac.uk

1 response(s) to Datenformate für Mikroarrays

  1. Axel Rothenbücher [Mitglied] @ http://www.includemedia.de says:

    Hier eine besonders unqualifizierte Bemerkung eines Nicht-BioInformatikers:

    das Bild sieht cool aus... fast wie abstrakte Kunst! ;-)

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