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TYPO3 wird bekanntermaßen in zwei verschiedenen Varianten veröffentlicht. Einmal in der tgz-Version und einmal in der zip-Version.

Der Grund, warum Duplikate vorhanden sind, ist der, dass im "original” Quellcode der tgz-Version symbolic links (eine Besonderheit des UNIX-Dateisystems) verwendet werden. Zum Beispiel ist das Verzeichnis "typo3/gfx/" ein "symbolic link" (symlink) von "typo3/t3lib/gfx/". Das bedeutet, dass der Inhalt der beiden Verzeichnisse tatsächlich identisch ist. Wenn man eine Datei im Verzeichnis "typo3/t3lib/gfx/" editiert, hinzufügt oder löscht, dann passiert das Gleiche im Verzeichnis "typo3/gfx/" und umgekehrt.

Die Benutzung der oben erwähnten symlinks unter UNIX ist ein extrem effizienter Weg Dateien und Verzeichnisse gemeinsam zu nutzen - ohne diese zu kopieren. In der tgz-Version existieren keine Duplikate, sondern nur symlinks zum "original" Verzeichnis. Wenn jedoch eine zip-Datei aus dieser Verzeichnisstruktur erstellt wird, werden die verknüpften Dateien und Verzeichnisse unabhängig von einander kopiert bzw. dupliziert.

Die zip-Version enthält also redundante Dateien. Der Vorteil dessen ist, dass man sich keine Gedanken um die symlinks machen muss – einfach den Inhalt der zip-Version auf den Webserver laden und ausführen. Der Nachteil ist, dass die zip-Version, aufgrund der nicht verwendeten symlinks, sehr viel größer ist als die tgz-Version und dass Upgrades ein wenig mehr Arbeit benötigen.

tgz-Dateien lassen sich auch über Programme wie WinZip dekomprimieren. Dabei sollte man beachten, dass bei der Dekomprimierung von tgz-Dateien mit WinZip symlinks ignoriert werden! Also müssen die ignorierten Verzeichnisse in diesem Fall manuell kopiert werden, um den Datenverlust zu kompensieren. Kopiert werden müssen die Verzeichnisse "t3lib/" nach "typo3/t3lib" und "t3lib/gfx/" nach "typo3/gfx/". Das gleiche Problem tritt auf, wenn der TYPO3-Quellcode mit dem CVS abgeglichen werden soll.