Smith Waterman Algorithm (Sourcecode)

Sequence A: (horizontal)

Sequence B: (vertical)


Gap Panelty:       (default: -1)
Mismatch Panelty: (default: -1)
Match Panelty:     (default: 2)

Result Matrix

D - A A A G A G T A G T 
- 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 
T 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 
T 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 
T 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 
T 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 
A 0 2 2 2 1 2 1 1 4 3 2 
G 0 1 1 1 4 3 4 3 3 6 5 
T 0 0 0 0 3 3 3 6 5 5 8 
T 0 0 0 0 2 2 2 5 5 4 7 
T 0 0 0 0 1 1 1 4 4 4 6 
T 0 0 0 0 0 0 0 3 3 3 6 

Gap Panelty: -1
Mismatch Panelty: -1
Match Panelty: 2

Maximum Value: 8
Found at 1 position(s)

Match Sequence A: T G A T
Match Sequence B: T G A T


(c) Phillip Kroll, 2006